复旦大学医院管理研究所成立于2006年3月5日，依托于复旦大学公共卫生学院，主要从事公立医院管理的前瞻性和实践性研究；医院质量和发展创新研究，以及根据医院实际发展问题接受国家相关部委、地方政府以及相关单位委托的课题研究。

从2010年开始，复旦大学医院管理研究所借鉴美国医院排行榜的理念，在我国打造了第一个医院排行榜。每年推出全国以及全国七大地区《中国医院排行榜》及覆盖45个专科的《专科声誉排行榜》。排行榜自问世以来，引发多方关注，每年榜单发布时，解放日报、人民日报、新华社、中央人民广播电台等主流媒体竞相报道。排行榜的专业性和权威性得到行业主管、各地政府的高度认可，国家发改委、科技部、卫生健康委等将其作为国家医学中心、临床医学中心和全国临床重点专科等评比的重要参考依据；广东、深圳市等省市人民政府在各项医院评比中，将其作为重要参考；全国诸多著名医院把复旦版中国医院排行榜评比结果视作“荣誉”“成绩”在医院官网上展示。如今复旦版中国医院排行已经从行业内走向大众，被老百姓称为疑难杂症寻医导航的 “指南针”。

复旦大学医院管理研究所还致力于打造全球以及各地区与各医疗机构之间学术交流的平台。2006年起，研究所围绕医疗改革热点和需求，定期举办针对医院管理前瞻性政策进行探讨和争鸣的医院管理学术沙龙，为医疗行业的专家或管理者，提供了一个畅谈医院管理经验和想法的乐园。截止2023年，管理学术沙龙已举办了67届，共计2600余人次参加。此外，研究所多次举办针对全国及全球医改趋势比较和分析的学术论坛，如“国际会议中心”系列医院管理高级论坛、“湖”系列上海医院管理实践高层论坛、“京沪医院管理论坛”、“沪粤医院管理论坛”等，来自上海、浙江、广州、山东、福建等60余家政府部门、医疗机构、医疗多媒体企业的专业人士，从“医药分开政策”、“医疗机构补偿机制”、“非基本医疗服务”、“医院科研管理”等各个方向对全国及全球医改和医院管理问题进行探索和实践分享，有效促进了地区之间医院的管理交流和经验总结。

在政策研究方面，研究所承担了多项国家急需开展的医改项目研究。自成立以来配合各级人民政府以及卫生行政部门围绕医改、区域医疗资源规划、医院信息化管理、医院绩效管理与绩效评估、医院人才梯队建设和人才发展等方面进行各项课题研究，提供咨询建议。包括教育部重大攻关项目2项、国家自然科学基金项目10余项、获得上海市决策咨询研究成果一等奖、国家卫健委项目10余项、省市级（上海市、浙江省、深圳市等地）科研项目30余项。所承担科研项目中多项研究成果直接转化为国家和地方政策实践，或者付诸于医院管理实践。研究所组织开展的《中国公立医院多学科协作诊疗（MDT）管理模式研究和推广应用实践》获得管理界唯一的国家奖：中国管理科学学会管理科学奖—第七届（管理实践类）。同时在各类学术期刊发表六十余篇，整理形成医院管理案例二十余例，获得国家发改委、科技部、卫生健康委等多方认可。参与编写了首部《中国医院管理指南》。